Zespół Szkół Specjalnych nr 3 współpracuje z:
- Towarzystwem Przyjaciół Dzieci Koło „Prokocimek” przy Zespole Szkół Specjalnych Nr 3
- Fundacją Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie „O Zdrowie Dziecka”
- Muzeum Żup Krakowskich w Wieliczce
- Instytutem Pamięci Narodowej
- Fundacją Urszuli Smok „Podaruj Życie”
- Polskim Towarzystwem Wspierania Osób z Nieswoistymi Zapaleniami Jelita „J – elita”
- Stowarzyszeniem UNICORN
- Fundacją Urtica Dzieciom
- Zakładem Opiekuńczo – Leczniczym
- Wielką Orkiestrą Świątecznej Pomocy
- Muzeum Historyczne Miasta Krakowa